ИПНИ включен в число соисполнителей Программы фундаментальных научных исследований Секции экономики Отделения общественных наук РАН "Модернизация и экономическая безопасность Российской Федерации (2009-2011 г.)" по теме "Модернизация отраслевой структуры экономики России как ответ на вызовы глобальной экономики".